Fue científico, historiador y literato mexicano. Estaba emparentado con el famoso poeta barroco del Culteranismo Luis de Góngora. En 1662, Sigüenza ingresó al colegio jesuita de Tepotzotlán para iniciar sus estudios religiosos, los mismos que continuó en Puebla. En 1667 fue expulsado de la orden por indisciplina, así que regresó a la Ciudad de México e ingresó a la Universidad Real y Pontificia, que en aquel tiempo estaba controlada por la Iglesia Católica. En 1672 asumió el cargo de catedrático de astrología y matemáticas en el puesto que había ocupado Diego Rodríguez 30 años antes. Lo ocupó durante 20 años realizando contribuciones notables y al mismo tiempo ocupó el cargo con el capellán del Hospital del Amor de Dios. En 1681 Sigüenza escribió el libro Manifiesto filosófico contra los Cometas donde trataba de calmar el temor supersticioso que provocaba en la gente este fenómeno cósmico. Al separar la superstición de los hechos observables, Sigüenza estaba de hecho separando la astrología de la astronomía, como las concebimos actualmente. Sin embargo, el jesuita Eusebio Kino criticó fuertemente este texto desde un punto de vista aristotélico y tomista, por lo que Sigüenza respondió publicando su obra Libra astronómica y philosóphica (1690), ahí fundamentaba rigurosamente sus argumentos sobre los cometas según los conocimientos científicos más actualizados de su tiempo. Las intensas lluvias de 1691 anegaron los campos y amenazaron con inundar la ciudad, y una plaga, consecuencia de toda esa humedad, consumió los trigales. Sigüenza utilizó un aparato precursor del microscopio para descubrir que la causa de la plaga era el Chiahuiztli, un insecto semejante a la pulga. Como consecuencia de este desastre, hubo al año siguiente una severa escasez de alimentos que provocó un motín popular. Las multitudes saquearon los comercios de los españoles europeos (Gachupines) y provocaron numerosos incendios en los edificios del gobierno. Sigüenza logró rescatar del incendio la biblioteca de la ciudad, salvándola de una gran pérdida. El motín se controló, como es usual, con violencia. Los cálculos de Sigüenza se establecieron en unos diez mil el número de los participantes en el motín. Como cosmógrafo real de la Nueva España trazó mapas hidrológicos del Valle de México. En 1963 fue enviado por el virrey como acompañante del almirante Andrés de Pez en un viaje de exploración al norte del Golfo de México y en especial a la península de Florida, donde trazó mapas de la bahía de Pensacola y de la desembocadura del río Misisipi. En sus últimos años dedicó mucho tiempo a coleccionar material para una historia del México antiguo. Desafortunadamente, su muerte prematura interrumpió este trabajo que no fue retomado hasta siglos después, cuando la conciencia criolla había desarrollado la identidad de su nación. Al morir donó su valiosa biblioteca con más de 518 libros al colegio jesuita y ordenó que su cuerpo fuera entregado a la medicina, para que se encontrara la cura contra el mal que provocó su muerte.
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